El ex presidente llegó a la cúpula de la dirigencia del "Rojo" respaldado por los socios quienes venían de sufrir una mala gestión encabezada por Julio Comparada. Cantero arribó al club con la intención de ordenar las cuentas, sanear las deudas y pelear contra los barras incrustados en los pasillos de la institución.
Durante su mandato llegaron al club un sinfín de jugadores que no lograron tener su mejor rendimiento y generaron deudas enormes imposibles de pagar para un institución que se hundía una grave situación financiera. Para ese momento, Independiente debía sueldos de los empleados, los futbolistas y los cuerpos técnicos que habían pasado por el equipo.
Cantero heredó a Ramón Díaz en el cargo de entrenador y terminó enfrentado con el riojano por una deuda que le reclamó al club. El cargo lo tomó Cristian Díaz, el ex lateral de Independiente, que se encontraba dirigiendo la reserva. Su etapa como entrenador culminó cuando el "Rojo" quedó en la última ubicación en la tabla de los promedios.
El presidente intentó cubrir sus espaldas ante la crisis futbolística del equipo y escuchó el pedido del hincha. Buscó al "Tolo" Gallego pero el entrenador campeón con Independiente en el 2002, no logró encontrar la fórmula para obtener triunfos y se fue con el equipo al borde del descenso.
Javier Cantero resistió lo que pudo al frente del club. Soportó, junto a Miguel Brindisi, el descenso al Nacional B por primera vez en la historia y luego decidió incorporar a Omar De Felippe para encaminar al equipo en la lucha por ascender.
El ahora ex presidente del equipo de Avellaneda enfrentó a la barra brava durante toda su gestión e intento que su lucha se traslade a otros clubes. Nunca tuvo el apoyo suficiente y su cruzada contra la violencia se diluyó en el tiempo y en discursos mediáticos.
A 8 meses del final de su mandato, Cantero le puso punto final a su gestión. Se fue del club agobiado por una crisis institucional, financiera y futbolística que terminó con el equipo en la segunda división del fútbol argentino y una deuda enorme que será uno de los problemas principales que deberá enfrentar la próxima comisión directiva.