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 El 11 de diciembre de 2011 Sebastián Battaglia vistió por última vez la camiseta de Boca de manera oficial. Fue en la victoria ante All Boys en lo que significaba la consagración del equipo "xeneize" en el Apertura 2011, y el título número 17 en la carrera del volante.

Battaglia ingresó al campo y disputó los últimos 16 minutos de un encuentro más decorativo que formal, y desde allí no volvió a formar parte del plantel profesional, aunque acompañó al grupo en la final de Copa Libertadores en Brasil.

El volante sufre una osteocondritis en el tobillo derecho, que sería como un desgaste entre la tibia y el astrágalo, huesos que articulan la zona. Luego de realizar diferentes tipos de tratamientos y de consultas con especialistas del exterior, se determinó que la recuperación es casi imposible, y también su vuelta a las canchas.

Él no se da por vencido y prefirió no hablar, pero si bien evoluciona de esta lesión cuando se lo exige vuelve el dolor y hay que volver a empezar con la recuperación nuevamente.

Battaglia es el jugador que más títulos ganó en la historia de Boca Juniors con 17 trofeos -que podrían ser 19 si se suman la Copa Argentina 2012 y el Apertura 1998, torneos que no disputó pero era parte del plantel-, y uno de los más ganadores a nivel mundial.

Su carrera profesional comenzó oficialmente el 31 de mayo de 1998 en la victoria 4 a 0 frente a Gimnasia y Tiro de Salta, en un partido correspondiente al torneo Clausura 1998, y que tenía en el banco "xeneize" a Carlos María García Cambón como entrenador interino.

En su primera etapa en el club, entre 1998 y 2003, consiguió: el Clausura 1999 y los Aperturas 2000 y 2003; la Copa Libertadores 2000, 2001 y 2003: y las Intercontinentales 2000 y 2003. En su paso por Villareal consiguió la Copa Intertoto 2004, y en su vuelta a Boca en 2005 conquistó: Clausura 2006, Apertura 2008 y 2011, la Libertadores 2007, la Sudamericana 2005, y las Recopas Sudamericanas 2005, 2006 y 2008.