Mauricio Pinilla hizo sus inferiores en Universidad de Chile y gracias a su gran olfato goleador fue subido al primer equipo en 2002, temporada en la que pudo anotar 10 goles en 25 partidos, números que le valieron dar el salto al Viejo Continente.
Tras deambular por varios clubes de Europa, Pinigol retornó al Romántico Viajero en 2007 en búsqueda de nuevas oportunidades, pero tan solo pudo disputar 4 partidos y marcar 2 goles.
Ya en la temporada 2017, Pinilla vivió su tercer paso por el club y este terminó de la peor forma posible: una demanda contra el elenco universitario tras su polémica salida de la institución laica hacia Colón de Santa Fe, situación que hizo que los hinchas bullangueros desataran su furia contra el ex futbolista.