Debutó en la Primera División de Argentina el 5 de abril de 1999 en un partido entre Talleres de Córdoba y Estudiantes de La Plata, con victoria local por 2 a 0.
Entre sus partidos más importantes en el torneo argentino de fútbol, deben destacarse tres "Superclásicos" oficiales entre River Plate y Boca Juniors, todos ellos disputados en el estadio de la Bombonera en los años 2004, 2006 y 2007. En diciembre de 2006, Pezzotta fue el primer árbitro argentino en dirigir una final de desempate del torneo local, que disputaron en el estadio José Amalfitani los equipos de Estudiantes de La Plata y Boca Juniors, con victoria por 2-1 para los primeros.