El piloto español perdió el control de su Aprilia en la salida de la prueba corta en Motegi y chocó contra su compañero de equipo, Marco Bezzecchi, en un accidente que, según las imágenes, pudo haber sido mucho más grave. Mientras Bezzecchi solo sufrió una contusión, Martín sumó otra lesión a un complicado historial de la temporada 2025 de MotoGP: doble fractura en la mano derecha y el pie izquierdo en Sepang, triple fractura en la mano izquierda antes del inicio en Tailandia y once costillas rotas con neumotórax en su regreso en Qatar.
Tras los exámenes en Japón, se decidió que Martín regresara a España para someterse a la cirugía a cargo del doctor Xavier Mir en el Hospital Universitario Dexeus de Barcelona, destinada a reducir y estabilizar la fractura del tercio medio de su clavícula derecha.
El piloto de San Sebastián de los Reyes volvió a España el domingo, mientras en Motegi se disputaba la carrera en la que Marc Márquez se coronó su sucesor en la titularidad mundial. Durante su estancia en el circuito japonés, Martín mostró su disgusto por el accidente, pidió disculpas a Bezzecchi y se reunió con él junto a los directivos de Aprilia, encabezados por Massimo Rivola, para aclarar lo sucedido.