La trama arranca poco después del final del especial de Navidad: Nomi (Jamie Clayton) y Amanita (Freema Agyeman) siguen refugiadas en el barco atracado en San Francisco de Bug (Michael X. Sommers), el amigo hacker de Nomi. Will (Brian J. Smith) y Riley (Tuppence Middleton) están a la fuga para que Whispers (Terrence Mann) no los encuentre, ella los ha llevado a Ámsterdam pero Will desconoce esta información para que no pueda revelársela por accidente a su enemigo. Wolfgang (Max Riemelt) tiene nuevas amistades en los círculos mafiosos berlineses y su objetivo continúa siendo sobrevivir. Kala (Tina Desai) ha recibido un ascenso y sigue tan confundida como siempre. El negocio de Van Damme (Toby Onwumere) va viento en popa y el conductor además conocerá a una periodista que despertará todo su interés. Sun permanece encerrada. Y Lito (Miguel Ángel Silvestre) tendrá que enfrentarse a las consecuencias de que se haya hecho público que es homosexual y cómo eso afecta su carrera.
Una de las novedades respecto a la primera temporada es el hecho de que Lilly Wachowski -- una de las cocreadoras junto a su hermana, Lana, y J. Michael Straczynski -- haya abandonado la serie por motivos de salud. Lilly Wachowski podría volver si hubiera una tercera temporada pero en todo caso Lana ha dirigido por primera vez en solitario en su carrera la segunda temporada cuya gran baza vuelve a ser sus ochos protagonistas, los sensates, cuyo carisma e historias personales vuelven a centrar la trama.